Проверяем используемое пространство

journalctl --disk-usage

Так же, можем проверить консистентность логов

journalctl --verify

Настройка

Меняем параметры в файле /etc/systemd/journald.conf

Storage=volatile        # сохраняем логи только в память; так же можно использовать auto
SystemMaxUse=200M
SystemKeepFree=1G     
SystemMaxFileSize=50M
SystemMaxFiles=5

Удаляем файлы логов

sudo rm -rf /var/log/journal

И перезагружаемся

Extra

Для анализа логов загрузки можно использовать systemd-analyze и вывод в виде графика systemd-analyze plot > plot.svg